Древесина дерева тяжёлая (удельный вес 0,66—0,75), очень прочная, твёрдая, красноватая, с белой заболонью, устойчива против гниения, даёт строевой и поделочный материал.
В посадках весьма декоративен. Прекрасное декоративное дерево для садов сухого юга.
Плоды содержат 1,5 % эфирного масла и являются возбуждающим и мочегонным средством. Сухая перегонка дерева, как и у других видов, дает бурую маслянистую жидкость — Можжевеловое масло (Oleum eupyreumaticum cadinum), которое употребляется как противоглистное средство, при кожных болезнях и производстве некоторых косметических средств.
Можжевельник колючий является одним из основных хозяев гриба ржавчина груши (Gymnosporangium sabinae). Мицелий, распространяясь в коре и древесине можжевельника, вызывает усиленный рост клеток, в результате чего ветки в поражённом месте утолщаются.
В рамках вида выделяют несколько подвидов:[1]
Вид Можжевельник колючий входит в род Можжевельник (Juniperus) семейства Кипарисовые (Cupressaceae) порядка Сосновые (Pinales).
