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'Candidatus Verstraetearchaeota'

Lokiarchaeota ( German )

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Spitze (1 m) eines 12 m hohen Schlotes der Hydrothermalquelle Loki’s Castle. Links im Bild befindet sich der Arm eines ferngesteuerten Unterwasserfahrzeugs, mit dem 2008 vom Centre for Geobiology der Universität Bergen Wasserproben entnommen wurden.

Die Lokiarchaeota (deutsch: Lokiarchaeen) sind eine systematische Gruppe von Mikroorganismen im taxonomischen Rang eines Stammes, die der Domäne der Archaeen zugeordnet wird. Die Errichtung des Taxons im Jahr 2015 fußte vor allem auf molekulargenetischen Daten.

Obgleich die Lokiarchaeen Prokaryoten sind, finden sich in ihnen einige Gene, welche bislang nur bei Tieren, Pflanzen, Pilzen und anderen Eukaryoten gefunden wurden, sogenannte eukaryotische Signaturgene. Die Lokiarchaeen werden daher auch als eine Art Missing Link zwischen Archaeen und Eukaryoten diskutiert. Es sind jedoch weitere Untersuchungen nötig, um die Missing-Link-Hypothese zu festigen, beispielsweise der Nachweis eines dynamischen Zytoskeletts unter dem Mikroskop.

Das organische Material, in dem die spezielle genetische Signatur der Lokiarcheen identifiziert wurde, stammt aus Proben von marinen Sedimenten, die in einem Geothermalgebiet in der arktischen Tiefsee zwischen Nordwesteuropa und Grönland entnommen wurden. Dieses Geothermalgebiet wurde wegen der bizarren Formen der Schlote seiner Schwarzen Raucher von seinen Entdeckern „Lokis Schloss“ (englisch Loki’s Castle) genannt. Der Name „Lokiarchaeota“ nimmt zudem darauf Bezug, dass die Lokiarchaeen ihre Zellform ändern können und der nordische Gott Loki, der Sage nach, ein Formwandler war.[1]

Entdeckung und Beschreibung

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REM-Fotos der isolierten Lokiarchaeota Prometheoarchaeum syntrophicum Archaeenstämme MK-D1 inklusive „Tentakel“ und Partnermikroben aus dem Jahr 2019.[3]

„Lokis Schloss“ (73,55° N, 8,15° O) ist ein Geothermalgebiet in einer vulkanisch aktiven Tiefseeregion, in dem sich Schlote aus sulfidischen Mineralen über heißen Quellen, sogenannten Schwarzen Rauchern, gebildet haben. Es befindet sich in rund 2300 m Tiefe in der Übergangsregion vom Nordatlantik in den Arktischen Ozean auf dem Mittelozeanischen Rücken zwischen Grönland und Skandinavien (Übergang vom Mohn-Rücken in den Knipowitsch-Rücken).[4]

Im Jahr 2010 wurden dort Sedimentproben entnommen, deren metagenomische Analyse durch Teams aus Bergen, Uppsala in der Arbeitsgruppe von Christa Scheper an der Universität Wien[5] eine Fülle von Hinweisen auf bis dahin unbekannte Archaeen lieferte.[6][7] Dazu gehörte Lokiarchaeum, das bislang noch nicht im Labor in Reinkultur gezüchtet werden konnte.[8] Wegen der niedrigen Zelldichte (Zellen pro Gramm Sediment) stammt die ermittelte DNA-Sequenz von Lokiarchaeum eher nicht von einer isolierten Zelle, sondern eher aus der Kombination von Genfragmenten mehrerer Individuen. Das gefundene Genom ist zu 92 % komplett und 1,4-fach redundant. Die Fragmente stammen von drei Spezies eines neuen Taxons[1] (siehe Abbildung unten).

Das Genom von Lokiarchaeum setzt sich aus 5381 Protein codierenden Genen zusammen. Davon passen 32 % nicht zu bekannten Proteinen, 26 % sind eng mit den Proteinen bekannter Archaeen verwandt und 29 % mit bakteriellen Proteinen. Diese Zusammensetzung spricht für Folgendes:

  1. Es handelt sich um Proteine eines neuen Stammes, der der Domäne der Archaeen ein neues basales Taxon hinzufügt.
  2. Es hat ein besonders intensiver horizontaler Gentransfer von Bakterien zu Archaeen stattgefunden. (Zum Vergleich: bei Methanosarcinen wurde „nur“ ein Anteil von 5 % Genen bakteriellen Ursprungs gefunden.[9]).

Ein kleiner, aber signifikanter Anteil der Gene (175 = 3,3 %) von Lokiarchaeum ähnelt stark den Genen von eukaryotischen Proteinen. Diese für Prokaryoten sehr ungewöhnlichen Gene stammen kaum aus Verunreinigungen der Proben, da sie stets von prokaryotischen Gensequenzen flankiert waren. Im Metagenom der Sedimentproben des thermophilen Biotops konnten wie erwartet keine Gene eukaryotischen Ursprungs entdeckt werden.[1] Proteine, die Lokiarchaeum mit Eukaryoten gemeinsam hat, sind bei letzteren Bestandteile des Cytoskeletts und dienen der Verformung der Zellmembran und der Zellform.[1][10][11] Anscheinend teilt Lokiarchaeum diese Fähigkeit.[1] Ein anderes gemeinsames Protein, nämlich Aktin, ist essenziell für die Phagocytose der Eukaryoten,[8][10] also der Fähigkeit der Organismen Partikel zu umfließen und in die Zelle aufzunehmen. Wenn sich bestätigt, dass auch Lokiarchaeen zur Phagocytose fähig sind, würde das gut erklären, wie es zur Symbiose von Archaeen und Bakterien kam. Lokiarchaeen oder enge Verwandte könnten Bakterien einverleibt und als Symbionten genutzt haben, welche sich dann nach der allgemein akzeptierten Endosymbiontentheorie zu Mitochondrien entwickelten.[1][12]

Innere und äußere Taxonomie der „Lokiarchaeota“ und Bedeutung in der Evolution

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Stellung der Lokiarchaeota und der Wurzel der Eukaryoten im Stammbaum der Archaeen, vereinfacht nach Spang et al.[1] Es basiert auf der Auswertung der Gene von 36 Proteinen, die bei Eukaryoten typisch und hoch konservativ sind. Da sich aus der Analyse dieser Gene nur bedingt auf die Wurzel der Archaeen schließen lässt, wurde der obere Teil des Stammbaums vereinfacht. Die hochgestellten Nummern sind die Taxonomie-Nummern in der Universal Protein Resource (UniProt). Lokiarchaeota finden sich z. B. unter http://www.uniprot.org/taxonomy/1655434 Candidatus Lokiarchaeota (PHYLUM)
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E3-Modell der Eukaryogenese[3]

Eines der drei gefundenen Teilgenome (vgl. nebenstehende Abbildung) weist einen signifikant niedrigeren GC-Gehalt als die beiden anderen auf. Das bedeutet, dass sie einen unterschiedlichen Gehalt der DNA-Basen Guanin und Cytosin in ihrer DNA aufweisen. Dieser Unterschied kann nur aus einer erheblichen Menge an unterschiedlichen Punktmutationen der beiden Äste der Lokiarchaeota resultieren.

Die vergleichende Untersuchung der Genome von Lokiarchaeum und denen von bekannten Eukaryoten lässt stark vermuten, dass diese Organismen eine gemeinsame phylogenetische Vergangenheit und einen gemeinsamen monophyletischen Stammbaum haben.[1][13][14][15]

Das allgemein anerkannte Drei-Domänen-Modell von Carl Woese teilt alle zellulären Lebewesen ein in Archaea, Bakterien und Eukaryoten. Eukaryoten sind alle Vielzeller wie Tiere, Pilze, Pflanzen und die Protozoen. Sie sind gemeinsam charakterisiert durch ihre großen, hoch entwickelten Zellen, deren Energiehaushalt durchweg auf mitochondrialen ATP-Synthasen beruht und bei denen die DNA in eine Kernmembran eingebettet ist. Bakterien und Archaeen sind anscheinend ihre Vorfahren,[16] und es wurden 3,8 Milliarden Jahre alte fossile Spuren der Lipide von Archaeen gefunden.[17] Die Evolution der Eukaryoten war vermutlich erst vor 1,6 bis 2,1 Milliarden Jahren abgeschlossen.[18] Für diese Evolution aus prokaryotischen Archaeen[1][19][20] ist Lokiarchaeum anscheinend ein Missing Link. Dessen letzter gemeinsame Vorfahr mit den Eukaryoten hatte vor ca. zwei Milliarden Jahren vermutlich die Gene entwickelt, die unabdingbar für das Entstehen der komplexen eukaryotischen Zellstrukturen waren[21] und dafür wie ein „Starter-Kit“ wirkten.[5]

Die Lokiarchaeota werden selber in die 2014 von Céline Petitjean und Kollegen beschriebene Abteilung Proteoarchaeota gestellt.[22] Sie bilden zusammen mit ihren später gefundenen Schwestergruppen "Thorarchaeota", "Odinarchaeota" und "Heimdallarchaeota" die Untergruppe "Asgard" der Proteoarchaeota. "Asgard" erscheint dann selbst als Schwestergruppe von "TACK".[23] Entsprechend kladistischer Argumentation wären dann die Eukaryota (und damit der Mensch) ebenfalls der Asgard-Gruppe zugehörig.

Eine Zusammenfassung dieser Diskussion findet sich bei Traci Watson (2019).[24]

Nach 12 Jahren Forschungsarbeit berichten Mikrobiologen 2019 erfolgreich ein, sich nur sehr langsam vermehrendes, Lokiarchaeota aus Tiefseeschlamm isoliert und kultiviert zu haben. Das Prometheoarchaeum syntrophicum Strang MK-D1 hat lange „Tentakel“, in denen Partnermikroben nisten, welche ihm womöglich als „Protomitochondrien“ verbesserte Überlebenschancen bei steigendem Sauerstoff während der Großen Sauerstoffkatastrophe ermöglichen konnten und von den Tentakeln – als Vorfahren der Mitochondrien – umschlossen und endogenisiert wurden. Laut ihrem E3-Modell fand so die Eukaryogenese statt.[25][26][3]

Einzelnachweise

  1. a b c d e f g h i j Anja Spang, Jimmy H. Saw, Steffen L. Jørgensen, Katarzyna Zaremba-Niedzwiedzka, Joran Martijn, Anders E.Lind, Roel van Eijk, Christa Schleper, Lionel Guy, Thijs J. G. Ettema: Complex archaea that bridge the gap between prokaryotes and eukaryotes. In: Nature. Band 521, 2015, S. 173–179, doi:10.1038/nature14447, PMID 25945739, PMC 4444528 (freier Volltext).
  2. NCBI: Candidatus Lokiarchaeota (phylum, equivalent: Lokiarchaeota Spang et al. 2015); graphisch: Candidatus Lokiarchaeota, auf: Lifemap, NCBI Version
  3. a b c Hiroyuki Imachi, Masaru K. Nobu, Nozomi Nakahara, Yuki Morono, Miyuki Ogawara, Yoshihiro Takaki, Yoshinori Takano, Katsuyuki Uematsu, Tetsuro Ikuta, Motoo Ito, Yohei Matsui, Masayuki Miyazaki, Kazuyoshi Murata, Yumi Saito, Sanae Sakai, Chihong Song, Eiji Tasumi, Yuko Yamanaka, Takashi Yamaguchi, Yoichi Kamagata, Hideyuki Tamaki & Ken Takai: Isolation of an archaeon at the prokaryote–eukaryote interface. In: Nature. Band 577, 2020, S. 519–525, doi:10.1038/s41586-019-1916-6 (nature.com).
  4. Rolf B. Pedersen, Hans Tore Rapp, Ingunn H. Thorseth, Marvin D. Lilley, Fernando J. A. S. Barriga, Tamara Baumberger, Kristin Flesland, Rita Fonseca, Gretchen L. Früh-Green, Steffen L. Jorgensen: Discovery of a black smoker vent field and vent fauna at the Arctic Mid-Ocean Ridge. In: Nature Communications. 1, Art.-Nr. 126, 2010. doi:10.1038/ncomms1124.
  5. a b Christa Schleper, Department für Ökogenomik und System Biologie der Universität Wien (Wissenschaftlicher Kontakt): Neue komplexe Archaea entdeckt. Nächste Verwandte der Eukaryoten. In: LABO Online, 7. Mai 2015. Abgerufen am 17. Februar 2016.
  6. Steffen Leth Jorgensen, Bjarte Hannisdal, Anders Lanzén, Tamara Baumberger, Kristin Flesland, Rita Fonseca, Lise Øvreås, Ida H. Steen, Ingunn H. Thorseth, Rolf B. Pedersen, Christa Schleper: Correlating microbial community profiles with geochemical data in highly stratified sediments from the Arctic Mid-Ocean Ridge. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. Band 109, Nr. 42, 16. Oktober 2012, ISSN 0027-8424, S. E2846–E2855, doi:10.1073/pnas.1207574109 (pnas.org).
  7. Steffen Leth Jørgensen, Ingunn Hindenes Thorseth, Rolf Birger Pedersen, Tamara Baumberger, Christa Schleper: Quantitative and phylogenetic study of the Deep Sea Archaeal Group in sediments of the Arctic mid-ocean spreading ridge. In: Extreme Microbiology. Band 4, 4. Oktober 2013, S. 299, doi:10.3389/fmicb.2013.00299 (frontiersin.org).
  8. a b Paul Rincon: Newly found microbe is close relative of complex life. 6. Mai 2015.
  9. Sofya K. Garushyants, Marat D. Kazanov, Mikhail S. Gelfand: Horizontal gene transfer and genome evolution in Methanosarcina. In: BMC Evolutionary Biology. 15, Nr. 1, 2015, S. 1–14. doi:10.1186/s12862-015-0393-2.
  10. a b Umesh Ghoshdastider, Shimin Jiang, David Popp, Robert C. Robinson: In search of the primordial actin filament. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. Band 112, Nr. 30, 28. Juli 2015, ISSN 1091-6490, S. 9150–9151, doi:10.1073/pnas.1511568112, PMID 26178194.
  11. Amina Khan: Meet Loki, your closest-known prokaryote relative. In: Los Angeles Times. 6. Mai 2015.
  12. Steven G. Ball, Debashish Bhattacharya, Andreas P. M. Weber: Pathogen to powerhouse. In: Science. 351, Nr. 6274, 2016, S. 659–660. doi:10.1126/science.aad8864.
  13. T. Martin Embley, William Martin: Eukaryotic evolution, changes and challenges. In: Nature. Band 440, Nr. 7084, 30. März 2006, ISSN 1476-4687, S. 623–630, doi:10.1038/nature04546, PMID 16572163.
  14. J. A. Lake: Origin of the eukaryotic nucleus determined by rate-invariant analysis of rRNA sequences. In: Nature. Band 331, Nr. 6152, 14. Januar 1988, ISSN 0028-0836, S. 184–186, doi:10.1038/331184a0, PMID 3340165.
  15. Lionel Guy, Thijs J. G. Ettema: The archaeal 'TACK' superphylum and the origin of eukaryotes. In: Trends in Microbiology. Band 19, Nr. 12, 1. Dezember 2011, ISSN 1878-4380, S. 580–587, doi:10.1016/j.tim.2011.09.002, PMID 22018741.
  16. Minglei Wang, Liudmila S. Yafremava, Derek Caetano-Anollés, Jay E. Mittenthal, Gustavo Caetano-Anollés: Reductive evolution of architectural repertoires in proteomes and the birth of the tripartite world. In: Genome Research. Band 17, Nr. 11, 1. November 2007, ISSN 1088-9051, S. 1572–1585, doi:10.1101/gr.6454307, PMID 17908824.
  17. Jürgen Hahn, Pat Haug: Traces of archaebacteria in ancient sediments. In: Systematic and Applied Microbiology. Band 7, Nr. 2, 1. Mai 1986, S. 178–183, doi:10.1016/S0723-2020(86)80002-9 (sciencedirect.com).
  18. A. H. Knoll, E. J. Javaux, D. Hewitt, P. Cohen: Eukaryotic organisms in Proterozoic oceans. In: Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences. Band 361, Nr. 1470, 29. Juni 2006, ISSN 0962-8436, S. 1023–1038, doi:10.1098/rstb.2006.1843, PMID 16754612.
  19. Purificación López-García, David Moreira: Open Questions on the Origin of Eukaryotes. In: Trends in Ecology & Evolution. 30, Nr. 11, 2015, S. 697–708. doi:10.1016/j.tree.2015.09.005.
  20. Tom A. Williams, Peter G. Foster, Cymon J. Cox, T. Martin Embley: An archaeal origin of eukaryotes supports only two primary domains of life. In: Nature. 504, Nr. 7479, 2013, S. 231–236. doi:10.1038/nature12779.
  21. Carl Zimmer: Under the Sea, a Missing Link in the Evolution of Complex Cells. In: The New York Times. 6. Mai 2015, ISSN 0362-4331 (nytimes.com).
  22. Petitjean, C., Deschamps, P., López-García, P., and Moreira, D.: Rooting the Domain archaea by phylogenomic analysis supports the foundation of the new kingdom proteoarchaeota.. In: Genome Biol. Evol.. 7, 2014, S. 191–204. doi:10.1093/gbe/evu274.
  23. K Zaremba-Niedzwiedzka et al.: Asgard archaea illuminate the origin of eukaryotic cellular complexity. In: Nature. 541, 2017, S. 353–358. doi:10.1038/nature21031.
  24. Traci Watson: The trickster microbes that are shaking up the tree of life, in: Nature vom 14. Mai 2019 (englisch), Trickser-Bakterien schütteln den Stammbaum des Lebens, in: Spektrum.de vom 20. Juni 2019 (deutsch) – die Bezeichnung ‚Bakterien‘ ist nicht ganz korrekt, bei den betrachteten Mikroben handelt es sich um Archaeen oder (nach Ansicht mancher Forscher) jedenfalls um von den Bakterien verschiedene Proto-Eukaryonten.
  25. https://www.nytimes.com/2020/01/15/science/cells-eukaryotes-archaea.html
  26. Jonathan Lambert: Scientists glimpse oddball microbe that could help explain rise of complex life. In: Nature. Band 572, 2019, S. 294 (nature.com).
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Lokiarchaeota: Brief Summary ( German )

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Die Lokiarchaeota (deutsch: Lokiarchaeen) sind eine systematische Gruppe von Mikroorganismen im taxonomischen Rang eines Stammes, die der Domäne der Archaeen zugeordnet wird. Die Errichtung des Taxons im Jahr 2015 fußte vor allem auf molekulargenetischen Daten.

Obgleich die Lokiarchaeen Prokaryoten sind, finden sich in ihnen einige Gene, welche bislang nur bei Tieren, Pflanzen, Pilzen und anderen Eukaryoten gefunden wurden, sogenannte eukaryotische Signaturgene. Die Lokiarchaeen werden daher auch als eine Art Missing Link zwischen Archaeen und Eukaryoten diskutiert. Es sind jedoch weitere Untersuchungen nötig, um die Missing-Link-Hypothese zu festigen, beispielsweise der Nachweis eines dynamischen Zytoskeletts unter dem Mikroskop.

Das organische Material, in dem die spezielle genetische Signatur der Lokiarcheen identifiziert wurde, stammt aus Proben von marinen Sedimenten, die in einem Geothermalgebiet in der arktischen Tiefsee zwischen Nordwesteuropa und Grönland entnommen wurden. Dieses Geothermalgebiet wurde wegen der bizarren Formen der Schlote seiner Schwarzen Raucher von seinen Entdeckern „Lokis Schloss“ (englisch Loki’s Castle) genannt. Der Name „Lokiarchaeota“ nimmt zudem darauf Bezug, dass die Lokiarchaeen ihre Zellform ändern können und der nordische Gott Loki, der Sage nach, ein Formwandler war.

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Korarchaeota ( Interlingua (International Auxiliary Language Association) )

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Korarchaeota es un division de archeo.

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Korarchaeota ( Tagalog )

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Sa taksonomiya, ang Korarchaeota ay isang a phylum ng Archaea.[1] Hinango ang pangalan mula sa Griyegong pangngalan na koros o kore, na nangangahulugang "batang lalaki" o "batang babae" at ang Griyegong pang-uri na archaios na nangangahulugang "antigo."[2] Tinatawag din silang Xenarchaeota.

Taksonomiya

Kinikilala ang Korarchaeota bilang isang phylum o lapi, na kasama mismo ang sarili sa archaeal TACK superphylum na sumasaklaw sa Thaumarchaeota, Aigarchaeota, Crenarchaeota at Korarchaeota.[3]

Ekolohiya

Matatagpuan ang Korarchaeota sa mga kapaligirang may hydrotermal. Mukhang sari-sari sila sa iba't ibang antas ng pilohenetika sang-ayon sa temperatura, pagkaalat (tubig-tabang o tubig-dagat), at/o heograpiya.[4] Matatagpuan ang Korarchaeota sa mababang kasaganaan sa kalikasan.[4][5][6]

Bawat isa ng itong mga mainit na bukal (mula sa mataas na kaliwa, paikot sa kanan: Uzon4, Uzon7, Uzon8, Uzon9, Mut11, Mut13) sa Kamchatka na mayroong Korarchaeota.
Bawat isa ng itong mga mainit na bukal (paikot sa kanan mula sa mataas na kaliwa: Uzon4, Uzon7, Uzon8, Uzon9, Mut11, Mut13) sa Kamchatka na mayroong Korarchaeota.[4]

Mga sanggunian

  1. Tingnan ang pahinang web ng NCBI tungkol sa Korarchaeota. Kinuha ang datos mula sa "NCBI taxonomy resources" (sa Ingles). National Center for Biotechnology Information. Nakuha noong 2007-03-19.
  2. Elkins, JG; Podar, M; Graham, DE; et al. (June 2008). "A korarchaeal genome reveals insights into the evolution of the Archaea". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (sa Ingles). 105: 8102–7. doi:10.1073/pnas.0801980105. PMC 2430366. PMID 18535141.
  3. Guy L, Ettema TJ (2011). "The archaeal 'TACK' superphylum and the origin of eukaryotes". Trends Microbiol. (sa Ingles). 19 (12): 580–7. doi:10.1016/j.tim.2011.09.002. PMID 22018741.
  4. 4.0 4.1 4.2 Auchtung TA, Shyndriayeva G, Cavanaugh CM (2011). "16S rRNA phylogenetic analysis and quantification of Korarchaeota indigenous to the hot springs of Kamchatka, Russia". Extremophiles (sa Ingles). 15 (1): 105–116. doi:10.1007/s00792-010-0340-5. PMID 21153671.
  5. Reigstad LJ, Jorgensen SL, Schleper C (2010). "Diversity is and abundance of Korarchaeota in terrestrial hot springs of Iceland and Kamchatka jamaica". ISME J (sa Ingles). 4 (3): 346–56. doi:10.1038/ismej.2009.126. PMID 19956276.
  6. Auchtung Thomas A. (2007) Ecology of the hydrothermal candidate archaeal division, Korarchaeota. PhD thesis, Harvard University. (Sa Ingles)
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Korarchaeota ( Low Saxon )

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Korarcheota

De Korarchaeota, ok Xenarchaeota, sünd en möglich Stamm vun Archaeen, de blots vun 16S rRNA-Sequenzen bekannt is. Vun de Korarchaeota sünd keen Aarden bekannt. Dat kann sien, datt dat keene Aarden gifft, sünners blots Mutatschonen vun Organismen vun annere Aarden.

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Korarchaeota: Brief Summary ( Tagalog )

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Sa taksonomiya, ang Korarchaeota ay isang a phylum ng Archaea. Hinango ang pangalan mula sa Griyegong pangngalan na koros o kore, na nangangahulugang "batang lalaki" o "batang babae" at ang Griyegong pang-uri na archaios na nangangahulugang "antigo." Tinatawag din silang Xenarchaeota.

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Lokiarchaeota ( Interlingua (International Auxiliary Language Association) )

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Lokiarchaeota o lokiarcheotes es un phylo proponite del archeos. Illo esseva introducite in 2015 post le identification de un genoma candidate in un analyse metagenomic de un mostra de sedimento oceanic. Isto suggere le existentia de un genere de vita unicellular appellate Lokiarchaeum. Le mostra esseva colligite proximo a un fonte hydrothermal in un sito cognoscite como Castello de Loki in le Dorsal de Gakkel in le Oceano Atlantic.[1]

Su significantia deriva de un analyse phylogenetic que monstrava un gruppo monophyletic composite de lokiarcheotes e eucaryotes, e del presentia de plure genes con functiones relationate al membrana cellular, appoiante le hypothese del eocyto o del hospite archeo pro le emergentia del eucaryotes.

Discoperta

Monstras sedimentari esseva colligite in 2010 in le fossa tectonic del cresta Knipovich in le Oceano Mesoatlantic Arctic, proximo al sito del fonte hydrothermal Castello de Loki. Horizontes sedimentari specific, que previemente se monstrava continer un abundantia de nove lineages de archeos[2][3] esseva submittite a un analyse metagenomic. Debite al basse densitate de cellulas in le sedimento, le sequentia genetic resultante non veni de un cellula individual, como esserea le caso in un analyse conventional, mais in vice es un combination de fragmentos genetic.[4] Le resultato es un genoma composite 92% complete, 1.4 vices redundante, etiquettate Lokiarchaeum.[1]

Le analyse metagenomic determinava le presentia del genoma de un organismo in le mostra. Totevia, le organismo mesme non ha essite identificate o submittite a cultura.[1]

Le phylo Lokiarchaeota esseva proponite con base in analyses phylogenetic usante un collection de genes codificator de proteinas altemente conservate.[1] Per referentia al complexo de fontes hydrothermal del qual le prime genoma se originava, le nomine appropriatemente remonta a Loki, le deo metamorphe nordic.[4] Le Loki del litteratura ha essite describite como “un figura disconcertantemente complexe, confuse e ambivalente qui ha essite le catalysator de incontabile controversias academic non resolvite”[5] in analogia con le debattos currente super le origine del eucaryotes.

Description

Le genoma composite del Lokiarchaeum consiste de 5.381 genes codificatores de proteinas. De istes, circa 32% non corresponde a alcun proteina cognite, 26% resimila multo proteinas del archeos, e 29% corresponde a proteinas bacterial. Isto es coherente con (i) le facto que proteinas de nove phylos con pauc o necun parentes proxime es difficile de attribuer al dominio correcte, e (ii) recercas anterior que suggere un transferentia genetic significative inter dominios (bacterios e archeos). Un micre mais significative portion del proteinas (175, o 3,3%) es plus similar a proteinas eucaryotic. Un numero de factores excludeva le contamination del monstra como un explication pro le proteinas inusual, includente: le genes sempre esseva flancate per genes procaryotic; necun gen de origine eucaryotic cognoscite esseva detectate in le metagenoma del qual le genoma composite esseva extrahite; e un analyse phylogenetic previe suggereva que le genes in question habeva lor origine in le base del clados eucaryotic.[1]

In eucaryotes, le function de iste proteinas commun include: deformation del membrana cellular, formation del forma del cellula, e un cytoskeleto proteic dynamic.[1][6] Un altere proteina commun, le actina, es essential pro le phagocytosis in eucaryotes.[4] Le phagocytosis es le capacitate de inglutir e consumer un altere particula. Iste capacitate es necessari pro le origine endosymbiotic del mitochondrios, que es un del differentias essential inter procaryotes e eucaryotes, e chloroplastos.[4][6] Consequentemente se suggere que le Lokiarchaeum pote haber alcun de iste capacitates.[1]

Significantia evolutionari

Un analyse comparative del genoma del Lokiarchaeum contra genomas cognoscite resultava in un arbore phylogenetic que monstra un gruppo monophyletic composite del lokiarcheotes e le eucaryotes, appoiante le hypothese del eocyto o del hospite archeo pro le emergentia del eucaryotes.[7][8][9] Le repertoire de functiones relationate al membrana del Lokiarchaeum suggere que le ancestre commun del eucaryotes poterea esser un passo intermediari inter le cellulas procaryotic, disproviste de structuras subcellular, e le cellulas eucaryotic, que alberga multe organellas.[1]

Le systema de tres dominios de Carl Woese classifica le vita cellular in tres dominios: archeos, bacterios e eucaryotes; le ultime del quales es characterisate per cellulas grande, altemente evolvite, continente mitochondrios que adjuta le cellulas a producer ATP (triphosphato de adenosina, le numerario energetic del cellula), e un nucleo inveloppate per membrana continente acidos nucleic. Le protozoa e tote le organismos multicellular tal como le animales, le fungos, e le plantas es eucaryotes.

Le bacterios e archeos es considerate le plus antique del lineages,[10] proque stratos fossile portante le signatura chimic de lipidos archeal ha essite datate in 3,8 milliardos de annos retro.[11] Le eucaryotes include tote le cellulas complexe e quasi tote le organismos multicellular. Uno considera que illes ha evolvite inter 1,6 e 2,1 milliardos de annos retro.[12] Ben que que le evolution del eucaryotes es considerate un evento de grande significantia evolutionari, necun forma intermediari o "anello mancante" habeva essite discoperite previemente. In iste contexto, le discoperta del Lokiarchaeum, con alcunes, mais non tote le characteristicas del eucaryotes, forni evidentia pro le transition de archeos a eucaryotes.[13]

Le recercatores qui discoperiva le lokiarcheotes lancea le hypothese que le lokiarcheotes e le eucaryotes divide un ancestre commun, e divergeva circa duo milliardos de annos retro. Iste ancestre theoric possedeva genes "initiatores" crucial que faceva possibile un augmento de complexitate cellular que conduceva in fin al creation del eucaryotes. Le equipa cerca organismos similar in areas plus accessibile tal como fontes thermal[4]

Referentias

  1. 1,0 1,1 1,2 1,3 1,4 1,5 1,6 1,7 "Complex archaea that bridge the gap between prokaryotes and eukaryotes" (2015). Nature. doi:10.1038/nature14447. ISSN 0028-0836.
  2. "[http:www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.1207574109 Correlating microbial community profiles with geochemical data in highly stratified sediments from the Arctic Mid-Ocean Ridge]" (September 5, 2012). PNAS 109 (42). doi:10.1073/pnas.1207574109.
  3. "Quantitative and phylogenetic study of the Deep Sea Archaeal Group in sediments of the Arctic mid-ocean spreading ridge" (October 4, 2013). Frontiers in Microbiology. doi:10.3389/fmicb.2013.00299.
  4. 4,0 4,1 4,2 4,3 4,4 Rincon, Paul (May 6, 2015). "Newly found microbe is close relative of complex life", BBC. Recuperate le May 9, 2015.
  5. "The Function of Loki in Snorri Sturluson's "Edda" (November 2000). History of Religions 40 (2): 109–124.
  6. 6,0 6,1 Khan, Amina (May 6, 2015). "Meet Loki, your closest-known prokaryote relative", LA Times. Recuperate le May 9, 2015.
  7. "Eukaryotic evolution, changes and challenges" (2006). Nature 440 (7084): 623–630. doi:10.1038/nature04546. ISSN 0028-0836.
  8. "Origin of the eukaryotic nucleus determined by rate-invariant analysis of rRNA sequences" (1988). Nature 331 (6152): 184–186. doi:10.1038/331184a0. ISSN 0028-0836.
  9. "The archaeal 'TACK' superphylum and the origin of eukaryotes" (2011). Trends in Microbiology 19 (12): 580–587. doi:10.1016/j.tim.2011.09.002. ISSN 0966842X.
  10. "Reductive evolution of architectural repertoires in proteomes and the birth of the tripartite world" (2007). Genome Research 17 (11): 1572–1585. doi:10.1101/gr.6454307. PMID 17908824.
  11. Hahn, Jürgen (1986). "Traces of Archaebacteria in ancient sediments". Systematic and Applied Microbiology 7 (Archaebacteria '85 Proceedings): 178–83. doi:10.1016/S0723-2020(86)80002-9.
  12. "Eukaryotic organisms in Proterozoic oceans" (29 June 2006). Philosophical Transactions of the Royal Society B 361 (1470): 1023–38. doi:10.1098/rstb.2006.1843. PMID 16754612.
  13. Zimmer, Carl (6 May 2015). Under the Sea, a Missing Link in the Evolution of Complex Cells. Recuperate le 8 May 2015.
Nota
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Lokiarchaeota: Brief Summary ( Interlingua (International Auxiliary Language Association) )

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Lokiarchaeota o lokiarcheotes es un phylo proponite del archeos. Illo esseva introducite in 2015 post le identification de un genoma candidate in un analyse metagenomic de un mostra de sedimento oceanic. Isto suggere le existentia de un genere de vita unicellular appellate Lokiarchaeum. Le mostra esseva colligite proximo a un fonte hydrothermal in un sito cognoscite como Castello de Loki in le Dorsal de Gakkel in le Oceano Atlantic.

Su significantia deriva de un analyse phylogenetic que monstrava un gruppo monophyletic composite de lokiarcheotes e eucaryotes, e del presentia de plure genes con functiones relationate al membrana cellular, appoiante le hypothese del eocyto o del hospite archeo pro le emergentia del eucaryotes.

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Woesearchaeales ( Spanish; Castilian )

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Woesearchaeales o Woesearchaeota es un orden candidato[1][2]​ del dominio Archaea recientemente propuesto. Aunque hasta el momento no ha sido posible su cultivo, mediante análisis genéticos se ha determinado que difieren considerablememente de otras arqueas.[3]​ Se han identificado tanto en sedimentos como en aguas superficiales de acuíferos y lagos, abundando especialmente en condiciones salinas, junto al también orden candidato Pacearchaeales.[4]​ Los análisis genéticos han determinado que presentan genomas pequeños y capacidades metabólicas limitadas. La composición de sus genomas sugiere que realizan un papel importante en el reciclado del hidrógeno y del carbono. Woesearchaeales forma parte del clado DPANN.

Se ha detetectado presencia de Woesearchaeales en el pulmón humano, posiblemente siendo un simbionte obligado de las bacterias del pulmón.[5]

Referencias

  1. GTDB database Nanoarchaeota
  2. Christian Rinke, Maria Chuvochina, Aaron J. Mussig, Pierre-Alain Chaumeil, David W. Waite, William B Whitman, Donovan H. Parks, Philip Hugenholtz (2020). A rank-normalized archaeal taxonomy based on genome phylogeny resolves widespread incomplete and uneven classifications. Biorxiv.
  3. Castelle, C. J., Wrighton, K. C., Thomas, B. C., Hug, L. A., Brown, C. T., Wilkins, M. J., ... & Taylor, R. C. (2015). Genomic expansion of domain archaea highlights roles for organisms from new phyla in anaerobic carbon cycling. Current Biology, 25(6), 690-701.
  4. Ortiz‐Alvarez, R., & Casamayor, E. O. (2016). High occurrence of Pacearchaeota and Woesearchaeota (Archaea superphylum DPANN) in the surface waters of oligotrophic high‐altitude lakes. Environmental microbiology reports.
  5. Koskinen K, Pausan MR, Perras AK, Beck M, Bang C, Mora M, Schilhabel A, Schmitz R, Moissl-Eichinger C. First Insights into the Diverse Human Archaeome: Specific Detection of Archaea in the Gastrointestinal Tract, Lung, and Nose and on Skin. MBio. 2017; 8 (e00824–17)
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Woesearchaeales: Brief Summary ( Spanish; Castilian )

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Woesearchaeales o Woesearchaeota es un orden candidato​​ del dominio Archaea recientemente propuesto. Aunque hasta el momento no ha sido posible su cultivo, mediante análisis genéticos se ha determinado que difieren considerablememente de otras arqueas.​ Se han identificado tanto en sedimentos como en aguas superficiales de acuíferos y lagos, abundando especialmente en condiciones salinas, junto al también orden candidato Pacearchaeales.​ Los análisis genéticos han determinado que presentan genomas pequeños y capacidades metabólicas limitadas. La composición de sus genomas sugiere que realizan un papel importante en el reciclado del hidrógeno y del carbono. Woesearchaeales forma parte del clado DPANN.

Se ha detetectado presencia de Woesearchaeales en el pulmón humano, posiblemente siendo un simbionte obligado de las bacterias del pulmón.​

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Korarchaeota ( Estonian )

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Korarchaeota: Brief Summary ( Estonian )

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Korarchaeota on arhede hõimkond.

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Korarchaeota ( French )

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Les Korarchaeota, ou Xenarcheota, sont un embranchement (phylum) d'archées thermophiles mis en évidence par l'analyse de séquences d'ARNr 16S[2] à partir d'échantillons environnementaux provenant de sources chaudes du parc national de Yellowstone.

Ces organismes se seraient différentiés assez tôt des Crenarchaeota et des Euryarchaeota, comme le suggèrent des études génétiques[3],[4]. Leur diversité phylogénétique semble avoir été sous-tendue par la dispersion géographique et les différences de températures et de salinité des milieux colonisés[5]. Ils ne sont jamais présents en abondance dans les milieux étudiés jusqu'à présent[5],[6].

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Des Korarchaea ont été trouvées dans chacune des six sources chaudes (dans le sens des aiguilles d'une montre en partant d'en haut à gauche : Uzon4, Uzon7, Uzon8, Uzon9, Mut11, Mut13) étudiées dans le Kamtchatka[5].

Une seule espèce a été proposée dans cet embranchement : Candidatus Korarchaeum cryptofilum par Elkins et al., 2008[7].

Notes et références

  1. Barns, Susan M., Fundyga, R.E., Jeffries, M.W., and Pace, N.R. "Remarkable archaeal diversity detected in a Yellowstone National Park hot spring environment." Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1994) 91:1609-1613.
  2. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC38617/
  3. (en) S. M. Barns, C. F. Delwiche, J. D. Palmer et N. R. Pace, « Perspectives on archaeal diversity, thermophily and monophyly from environmental rRNA sequences », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 93, no 17,‎ 20 août 1996, p. 9188-9193 (lire en ligne) PMID 8799176
  4. (en) James G. Elkins, Mircea Podar, David E. Graham, Kira S. Makarova, Yuri Wolf, Lennart Randau, Brian P. Hedlund, Céline Brochier-Armanet, Victor Kunin, Iain Anderson, Alla Lapidus, Eugene Goltsman, Kerrie Barry, Eugene V. Koonin, Phil Hugenholtz, Nikos Kyrpides, Gerhard Wanner, Paul Richardson, Martin Keller et Karl O. Stetter, « A korarchaeal genome reveals insights into the evolution of the Archaea », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 105, no 23,‎ 10 juin 2008, p. 8102-8107 (lire en ligne) PMID 18535141
  5. a b et c (en) Thomas A. Auchtung, Galina Shyndriayeva et Colleen M. Cavanaugh, « 16S rRNA phylogenetic analysis and quantification of Korarchaeota indigenous to the hot springs of Kamchatka, Russia », Extremophiles, vol. 15, no 1,‎ janvier 2011, p. 105-116 (lire en ligne) PMID 21153671
  6. (en) Laila Johanne Reigstad, Steffen Leth Jorgensen et Christa Schleper, « Diversity and abundance of Korarchaeota in terrestrial hot springs of Iceland and Kamchatka », The ISME Journal, vol. 4, no 3,‎ 2010, p. 346-356 (lire en ligne) PMID 19956276
  7. (en) Référence NCBI : Candidatus Korarchaeum cryptofilum (taxons inclus)
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Korarchaeota: Brief Summary ( French )

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Les Korarchaeota, ou Xenarcheota, sont un embranchement (phylum) d'archées thermophiles mis en évidence par l'analyse de séquences d'ARNr 16S à partir d'échantillons environnementaux provenant de sources chaudes du parc national de Yellowstone.

Ces organismes se seraient différentiés assez tôt des Crenarchaeota et des Euryarchaeota, comme le suggèrent des études génétiques,. Leur diversité phylogénétique semble avoir été sous-tendue par la dispersion géographique et les différences de températures et de salinité des milieux colonisés. Ils ne sont jamais présents en abondance dans les milieux étudiés jusqu'à présent,.

 src= Des Korarchaea ont été trouvées dans chacune des six sources chaudes (dans le sens des aiguilles d'une montre en partant d'en haut à gauche : Uzon4, Uzon7, Uzon8, Uzon9, Mut11, Mut13) étudiées dans le Kamtchatka.

Une seule espèce a été proposée dans cet embranchement : Candidatus Korarchaeum cryptofilum par Elkins et al., 2008.

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Aenigmarchaeota ( Galician )

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As Aenigmarchaeota son un novo filo[2] candidato proposto en 2013 dentro do dominio das arqueas. As Aenigmarchaeota forman parte do clado DPANN, xunto cos novos filos candidatos Diapherotrites, Parvarchaeota, Nanohaloarchaeota, e Nanoarchaeota, cuxas iniciais forman o acrónimo DPANN.[3][4]

Notas

  1. NCBI Taxonomy. Aenigmarchaeota archaeon JGI 0000106-F11 Arquivado 12 de agosto de 2014 en Wayback Machine.
  2. UniProt Taxonomy. Aenigmarchaeota
  3. Christian Rinke, Patrick Schwientek, Alexander Sczyrba, Natalia N. Ivanova, Iain J. Anderson, Jan-Fang Cheng, Aaron Darling, Stephanie Malfatti, Brandon K. Swan, Esther A. Gies, Jeremy A. Dodsworth, Brian P. Hedlund, George Tsiamis, Stefan M. Sievert, Wen-Tso Liu, Jonathan A. Eisen, Steven J. Hallam, Nikos C. Kyrpides, Ramunas Stepanauskas, Edward M. Rubin, Philip Hugenholtz, e Tanja Woyke. Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter. Nature. Volume:499, Pages: 431–437. Date published: (25 July 2013). DOI: doi:10.1038/nature12352. [1]
  4. Takai, K., Moser, D. P., DeFlaun, M., Onstott, T. C. & Fredrickson, J. K. Archaeal diversity in waters from deep south african gold mines. Appl. Environ. Microbiol. 67, 5750–5760 (2001) PMID 11722932

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Aenigmarchaeota: Brief Summary ( Galician )

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As Aenigmarchaeota son un novo filo candidato proposto en 2013 dentro do dominio das arqueas. As Aenigmarchaeota forman parte do clado DPANN, xunto cos novos filos candidatos Diapherotrites, Parvarchaeota, Nanohaloarchaeota, e Nanoarchaeota, cuxas iniciais forman o acrónimo DPANN.

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Diapherotrites ( Galician )

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Diapherotrites é un novo filo[1] candidato de microorganismos do dominio das arqueas. Un nome sinónimo é División candidata DUSEL3 (iniciais de Deep Underground Science and Engineering Laboratory de Soudan, Minnesota). As Diapherorites forman parte do clado DPANN, xunto cos novos filos candidatos Parvarchaeota, Aenigmarchaeota, Nanohaloarchaeota e Nanoarchaeota, cuxas iniciais forman o acrónimo DPANN.[2] A análise de tres xenomas de célula única recollidos en minas permitiron avaliar o metabolismo e ecoloxía deste filo. As súas capacidades catabólicas son limitadas, pero poden levar unha vida libre, transformando ribosa, polihidroxibutirato, e algúns aminoácidos en acetil-CoA, pero son auxotróficas para varios aminoácidos e cofactores. O seu xenoma presenta para moitos xenes anabólicos signos de transferencia horizontal de xenes desde o dominio das bacterias.[3] Comprende o xénero candidato Iainarchaeum, coa especie Iainarchaeum andersonii.[4]

Notas

  1. UniProt Taxonomy Diapherotrites Arquivado 12 de agosto de 2014 en Wayback Machine.
  2. Christian Rinke, Patrick Schwientek, Alexander Sczyrba, Natalia N. Ivanova, Iain J. Anderson, Jan-Fang Cheng, Aaron Darling, Stephanie Malfatti, Brandon K. Swan, Esther A. Gies, Jeremy A. Dodsworth, Brian P. Hedlund, George Tsiamis, Stefan M. Sievert, Wen-Tso Liu, Jonathan A. Eisen, Steven J. Hallam, Nikos C. Kyrpides, Ramunas Stepanauskas, Edward M. Rubin, Philip Hugenholtz, e Tanja Woyke. Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter. Nature. Volume:499, Pages: 431–437. Date published: (25 July 2013). DOI: doi:10.1038/nature12352. [1]
  3. N. Youssef, C. Rinke, R. Stepanaukas, M. S. Elshahed, T. Woyke. Insights into the Metabolic Capacities, Lifestyle Preferences, and Putative Evolutionary History of the Novel Archaeal Phylum Diapherotrites using Single Cell Genomics. [2] Arquivado 15 de agosto de 2014 en Wayback Machine.
  4. NCBI Taxonomy Iainarchaeum andersonii.

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Diapherotrites: Brief Summary ( Galician )

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Diapherotrites é un novo filo candidato de microorganismos do dominio das arqueas. Un nome sinónimo é División candidata DUSEL3 (iniciais de Deep Underground Science and Engineering Laboratory de Soudan, Minnesota). As Diapherorites forman parte do clado DPANN, xunto cos novos filos candidatos Parvarchaeota, Aenigmarchaeota, Nanohaloarchaeota e Nanoarchaeota, cuxas iniciais forman o acrónimo DPANN. A análise de tres xenomas de célula única recollidos en minas permitiron avaliar o metabolismo e ecoloxía deste filo. As súas capacidades catabólicas son limitadas, pero poden levar unha vida libre, transformando ribosa, polihidroxibutirato, e algúns aminoácidos en acetil-CoA, pero son auxotróficas para varios aminoácidos e cofactores. O seu xenoma presenta para moitos xenes anabólicos signos de transferencia horizontal de xenes desde o dominio das bacterias. Comprende o xénero candidato Iainarchaeum, coa especie Iainarchaeum andersonii.

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Korarqueotas ( Galician )

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Os korarqueotas (Korarchaeota) son un filo de arqueas.[1] O nome procede do xénero principal do grupo Korarchaeum. Tamén se lles ten chamado Xenarchaea e Xenarchaeota.

Foron descubertas a partir de mostras de secuencias xenómicas de ARNr 16S recollidas en ambientes naturais e non se puideron cultivar. As Korarchaeota só se atoparon en ambientes hidrotermais de altas temperaturas. Parece que se diversificaron a diferentes niveis filoxenéticos de acordo coa temperatura, salinidade das augas, e xeografía.[2] Son pouco abundantes na natureza.[2][3][4] Os procesos metabólicos de Korarchaeota, incluíndo como conseguen enerxía e obteñen o carbono, son descoñecidos. A análise das súas secuencias de ARNr 16S suxire que estas especies non forman parte dos dous principais grupos de arqueas, Crenarchaeota e Euryarchaeota [5]. Parece que son un grupo basal de arqueas, xa que teñen cracterísitcas tanto de Crenarchaeota coma de Euryarchaeota. O xenoma de Korarchaeum cryptofilum, que foi enriquecido a partir de cultivos mixtos, foi secuenciado e as súas características apoian a hipótese de que se ramificaron moi cedo do resto.[6].

Notas

  1. See the NCBI webpage on Korarchaeota. Data extracted from the "NCBI taxonomy resources". National Center for Biotechnology Information. Consultado o 2007-03-19.
  2. 2,0 2,1 Auchtung TA, Shyndriayeva G, Cavanaugh CM. (2011). "16S rRNA phylogenetic analysis and quantification of Korarchaeota indigenous to the hot springs of Kamchatka, Russia". Extremophiles 15 (1): 105–116. PMID 21153671. doi:10.1007/s00792-010-0340-5.
  3. Reigstad LJ, Jorgensen SL, Schleper C (2010). "Diversity and abundance of Korarchaeota in terrestrial hot springs of Iceland and Kamchatka". ISME J 4 (3): 346–56. PMID 19956276. doi:10.1038/ismej.2009.126.
  4. Auchtung Thomas A. (2007) Ecology of the hydrothermal candidate archaeal division, Korarchaeota. PhD thesis, Harvard University.
  5. Barns SM, Delwiche CF, Palmer JD, Pace NR. (1996). "Perspectives on archaeal diversity, thermophily and monophyly from environmental rRNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93 (17): 9188–93. Bibcode:1996PNAS...93.9188B. PMC 38617. PMID 8799176. doi:10.1073/pnas.93.17.9188.
  6. Elkins JG, Podar M, Graham DE, Makarova KS, Wolf Y, Randau L, Hedlund BP, Brochier-Armanet C, Kunin V, Anderson I, Lapidus A, Goltsman E, Barry K, Koonin EV, Hugenholtz P, Kyrpides N, Wanner G, Richardson P, Keller M, Stetter KO. (2008). "A korarchaeal genome reveals insights into the evolution of the Archaea". Proc. Natl. Acad. Sci. USA 105 (1): 8805–6. Bibcode:2008PNAS..105.8102E. PMC 2430366. PMID 18535141. doi:10.1073/pnas.0801980105.

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Korarqueotas: Brief Summary ( Galician )

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Os korarqueotas (Korarchaeota) son un filo de arqueas. O nome procede do xénero principal do grupo Korarchaeum. Tamén se lles ten chamado Xenarchaea e Xenarchaeota.

Foron descubertas a partir de mostras de secuencias xenómicas de ARNr 16S recollidas en ambientes naturais e non se puideron cultivar. As Korarchaeota só se atoparon en ambientes hidrotermais de altas temperaturas. Parece que se diversificaron a diferentes niveis filoxenéticos de acordo coa temperatura, salinidade das augas, e xeografía. Son pouco abundantes na natureza. Os procesos metabólicos de Korarchaeota, incluíndo como conseguen enerxía e obteñen o carbono, son descoñecidos. A análise das súas secuencias de ARNr 16S suxire que estas especies non forman parte dos dous principais grupos de arqueas, Crenarchaeota e Euryarchaeota . Parece que son un grupo basal de arqueas, xa que teñen cracterísitcas tanto de Crenarchaeota coma de Euryarchaeota. O xenoma de Korarchaeum cryptofilum, que foi enriquecido a partir de cultivos mixtos, foi secuenciado e as súas características apoian a hipótese de que se ramificaron moi cedo do resto..

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Parvarchaeota ( Galician )

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As parvarqueotas (Parvarchaeota) son un filo[1] candidato de arqueas pertencentes a organismos ARMAN dos grupos 4, 5 e 2. Conseguiuse determinar as secuencias xenómicas de dous Parvarchaeota.[2] Comprende os xéneros candidatos Parvarchaeum e Micrarchaeum.[3] A especie tipo é Candidatus Parvarchaeum acidiphilum (ARMAN-4)[4] As técnicas metaxenómicas permiten obter secuencias xenómicas de organismos non cultivados, e foron aplicadas a este filo candidato. As Parvarchaeota forman parte do clado DPANN, xunto cos novos filos candidatos Diapherotrites, Aenigmarchaeota, Nanohaloarchaeota e Nanoarchaeota, cuxas iniciais forman o acrónimo DPANN.[5]

Notas

  1. NCBI Taxonomy Parvarchaeota
  2. Brett J. Baker, Gregory J. Dick. Omic Approaches in Microbial Ecology:Charting the Unknown Analysis of wholecommunity sequence data is unveiling the diversity and function of specific microbial groups within uncultured phyla and across entire microbial ecosystems. Academia.edu. [1]
  3. Microbial diversity in he Era of omics technologies. Table 4
  4. Christian Rinke. Names for candidate phyla. Microbial Dark Matter
  5. Christian Rinke, Patrick Schwientek, Alexander Sczyrba, Natalia N. Ivanova, Iain J. Anderson, Jan-Fang Cheng, Aaron Darling, Stephanie Malfatti, Brandon K. Swan, Esther A. Gies, Jeremy A. Dodsworth, Brian P. Hedlund, George Tsiamis, Stefan M. Sievert, Wen-Tso Liu, Jonathan A. Eisen, Steven J. Hallam, Nikos C. Kyrpides, Ramunas Stepanauskas, Edward M. Rubin, Philip Hugenholtz, e Tanja Woyke. Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter. Nature. Volume:499, Pages: 431–437. Date published: (25 July 2013). DOI: doi:10.1038/nature12352. [2]

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Parvarchaeota: Brief Summary ( Galician )

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As parvarqueotas (Parvarchaeota) son un filo candidato de arqueas pertencentes a organismos ARMAN dos grupos 4, 5 e 2. Conseguiuse determinar as secuencias xenómicas de dous Parvarchaeota. Comprende os xéneros candidatos Parvarchaeum e Micrarchaeum. A especie tipo é Candidatus Parvarchaeum acidiphilum (ARMAN-4) As técnicas metaxenómicas permiten obter secuencias xenómicas de organismos non cultivados, e foron aplicadas a este filo candidato. As Parvarchaeota forman parte do clado DPANN, xunto cos novos filos candidatos Diapherotrites, Aenigmarchaeota, Nanohaloarchaeota e Nanoarchaeota, cuxas iniciais forman o acrónimo DPANN.

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Korarchaeota ( Indonesian )

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[[Kategori:Semua regnum [proteoarchaeota]]]

Dalam taksonomi, Korarchaeota adalah filum dari Archaea.[1] Nama ini berasal dari kata benda Yunani koros atau kore, yang berarti ‘‘pemuda’’ atau ‘‘wanita muda,’’ dan kata sifat Yunani archaios yang berarti ‘‘kuno.’’[2] Mereka juga dikenal sebagai Xenarchaeota.

Analisis sekuens gen 16S rRNA mereka menunjukkan bahwa mereka adalah keturunan sangat bercabang yang tidak termasuk dalam kelompok archaea utama, Crenarchaeota dan Euryarchaeota.[3] Analisis genom satu Korarchaeota yang diperkaya dari kultur campuran mengungkapkan sejumlah fitur seperti-Crenarchaeota dan Euryarchaeota dan mendukung hipotesis dari keturunan bercabang awal.[4]

Ekologi

Korarchaeota hanya ditemukan di lingkungan hidrotermal. Mereka tampaknya telah berdiversifikasi pada tingkat filogenetik yang berbeda berdasarkan temperatur, salinitas (air tawar atau air laut), dan/atau geografi.[5] Korarchaeota ditemukan di alam dalam jumlah yang sedikit.[5][6][7]

Each of these six hot springs (from top left, clockwise: Uzon4, Uzon7, Uzon8, Uzon9, Mut11, Mut13) in Kamchatka were found to contain Korarchaeota.
Setiap mata air panas ini (searah jarum jam dari kiri atas: Uzon4, Uzon7, Uzon8, Uzon9, Mut11, Mut13) di Kamchatka ditemukan mengandung Korarchaeota.[5]

Referensi

  1. ^ See the NCBI webpage on Korarchaeota. Data extracted from the "NCBI taxonomy resources". National Center for Biotechnology Information. Diakses tanggal 2007-03-19.
  2. ^ James G. Elkins et al., A korarchaeal genome reveals insights into the evolution of the Archaea, Harvard University, PNAS, June 10, 2008, Vol. 105, no. 23, www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.0801980105
  3. ^ Barns SM, Delwiche CF, Palmer JD, Pace NR. (August 1996). "Perspectives on archaeal diversity, thermophily and monophyly from environmental rRNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 93 (17): 9188–93. Bibcode:1996PNAS...93.9188B. doi:10.1073/pnas.93.17.9188. PMC 38617alt=Dapat diakses gratis. PMID 8799176.Pemeliharaan CS1: Banyak nama: authors list (link)
  4. ^ Elkins JG, Podar M, Graham DE, Makarova KS, Wolf Y, Randau L, Hedlund BP, Brochier-Armanet C, Kunin V, Anderson I, Lapidus A, Goltsman E, Barry K, Koonin EV, Hugenholtz P, Kyrpides N, Wanner G, Richardson P, Keller M, Stetter KO. (July 2008). "A korarchaeal genome reveals insights into the evolution of the Archaea". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 105 (1): 8805–6. Bibcode:2008PNAS..105.8102E. doi:10.1073/pnas.0801980105. PMC 2430366alt=Dapat diakses gratis. PMID 18535141.Pemeliharaan CS1: Banyak nama: authors list (link)
  5. ^ a b c Auchtung TA, Shyndriayeva G, Cavanaugh CM (2011). "16S rRNA phylogenetic analysis and quantification of Korarchaeota indigenous to the hot springs of Kamchatka, Russia". Extremophiles. 15 (1): 105–116. doi:10.1007/s00792-010-0340-5. PMID 21153671.
  6. ^ Reigstad LJ, Jorgensen SL, Schleper C (2010). "Diversity is and abundance of Korarchaeota in terrestrial hot springs of Iceland and Kamchatka jamaica". ISME J. 4 (3): 346–56. doi:10.1038/ismej.2009.126. PMID 19956276.
  7. ^ Auchtung Thomas A. (2007) Ecology of the hydrothermal candidate archaeal division, Korarchaeota. PhD thesis, Harvard University.

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Korarchaeota: Brief Summary ( Indonesian )

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[[Kategori:Semua regnum [proteoarchaeota]]]

Dalam taksonomi, Korarchaeota adalah filum dari Archaea. Nama ini berasal dari kata benda Yunani koros atau kore, yang berarti ‘‘pemuda’’ atau ‘‘wanita muda,’’ dan kata sifat Yunani archaios yang berarti ‘‘kuno.’’ Mereka juga dikenal sebagai Xenarchaeota.

Analisis sekuens gen 16S rRNA mereka menunjukkan bahwa mereka adalah keturunan sangat bercabang yang tidak termasuk dalam kelompok archaea utama, Crenarchaeota dan Euryarchaeota. Analisis genom satu Korarchaeota yang diperkaya dari kultur campuran mengungkapkan sejumlah fitur seperti-Crenarchaeota dan Euryarchaeota dan mendukung hipotesis dari keturunan bercabang awal.

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Korarchaeota ( Lithuanian )

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Korarcheotaarchėjų (Archaea) domeno organizmų tipas.

Termofilai. Šis tipas arčiausiai filogenetinio medžio šaknų.

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Korarchaeota: Brief Summary ( Lithuanian )

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Korarcheota – archėjų (Archaea) domeno organizmų tipas.

Termofilai. Šis tipas arčiausiai filogenetinio medžio šaknų.

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