Diphoda es un supergrupo eucariota que agrupa a su vez grandes grupos como los corticados (Diaphoretickes) y la mayoría de protozoos excavados (Excavata). Se ha postulado que dentro de la filogenia eucariota, habría habido una profunda dicotomía en dos grandes grupos: Diphoda y Opimoda, de acuerdo con estudios basados en proteínas mitocondriales que relacionaron a Discoba con los corticados.[1]
La filogenia profunda eucariota no está actualmente consensuada, sin embargo, algunos estudios independientes recientes basados en proteínas de origen bacteriano (Derelle et al. 2015),[1] en el genoma (Cavalier-Smith et al. 2015)[2] y otros estudios filogenómicos (Burki et al. 2015-16),[3] parecen confirmarlo. Sumando el pequeño grupo Hemimastigophora,[4] los estudios mencionados postulan la siguiente filogenia:
Diphoda DiaphoretickesRecientes análisis proteicos (2018) incluyen además a Metamonada en posición basal,[5] aunque no hay consenso al respecto.
Recientes análisis proteicos (2018) incluyen además a Metamonada en posición basal, aunque no hay consenso al respecto.